Istana ini pernah menjadi tempat persemayaman Almarhum Sultan Yahya Petra Ibni Almarhum Sultan Ibrahim, semasa Baginda sebagai Tengku Mahkota Kelantan. Dibina pada tahun 1939 iaitu pada zaman pemerintahan Almarhum Sultan Ibrahim Ibni Almarhum Sultan Muhammad IV. Istana ini telah mencatat satu lagi sejarah apabila keluarga Almarhum Sultan Yahya Petra mengampuni perkenan meminjamkan bangunan ini dijadikan sebagai 'Muzium Diraja' dan telah dirasmikan oleh KDYMM Sultan Ismail Petra Ibni Almarhum Sultan Yahya Petra pada 25 Julai 1991.

Di muzium ini mempamerkan Sejarah Kesultanan Kelantan sejak awal hingga sekarang termasuk salasilah, penulisan-penulisan, rajah-rajah, gambar-gambar, pakaian-pakaian rasmi, barang-barang hadiah dan lain-lain yang berkaitan dengan Kesultanan Kelantan.

Muzium ini terletak di Jalan Hilir Kota iaitu berhampiran dengan Istana Balai Besar dan Muzium Kraftangan manakala bahagian belakang terdapat Masjid Muhammadi (Masjid Negeri). Kawasan ini dikenali Zon Budaya yang meliputi bangunan-bangunan bersejarah lain. Perhubungan dengan pusat bandar Kota Bharu juga amat mudah serta berhampiran dengan pusat membeli belah Pasar Siti Khadijah dan Bazar Buluh Kubu.

Matlamat penubuhan Muzium Diraja ini ialah menjadi penghubung rapat antara rakyat dan raja yang memerintah Negeri Kelantan sejak dahulu lagi. Ia juga satu pendedahan kepada umum mengenai aktiviti-aktiviti Al-Sultan, Raja Perempuan dan keluarga Diraja seluruhnya dalam membangunkan negeri ini. 

Bayaran masuk ke Muzium Diraja ialah RM2 untuk orang dewasa dan RM1 untuk kanak-kanak. Manakala pengunjung antarabangsa pula bayarannya ialah RM4 untuk orang dewasa dan RM2 untuk kanak-kanak. Muzium ini dibuka pada setiap hari kecuali hari Jumaat bermula jam 8.30 pagi hingga 4.45 petang.